一是病原为病毒感染。最近医学界经过临床及免疫学研究，已确定口腔溃疡病原为病毒感染，而导致口腔溃疡的两种病毒分别为人类巨细胞病毒和EB病毒(非洲淋巴细胞瘤病毒，一种疱疹病毒);其中人类巨细胞病毒潜伏在血液中的T淋巴球，EB病毒则是潜伏在血液中的B淋巴球。一旦感冒、情绪压力大、身体疲倦或精力不足，免疫力差时，病毒就会发作。

　　医学研究也发现，这类病毒属于原发性病毒，人们被感染后进入人体内，藏在表皮下的血管里，并在细胞核中繁殖，医学研究也指出，感冒病毒及艾滋病的病毒会激活潜伏在体内的这一病毒，换而言之，当身体免疫系统异常时，这些病毒会特别活跃，溃疡也会明显恶化。 另外，精神压力与荷尔蒙是溃疡的诱因。专家认为，现代人生活紧张，精神压力大，口腔溃疡是一种因生活形态导致的“文明病”。事实上，根据医生的临床观察，口腔溃疡患者有许多是在过度疲劳后发病的。

　　此外，口腔溃疡也被认为与遗传、荷尔蒙等因素有关，如女性月经前口腔溃疡会有恶化情形，更年期妇女也有病例增多现象，但怀孕期妇女则发病率较低，这些现象都显示溃疡的发生受荷尔蒙变化影响。

　　口腔溃疡也被认为是身体变弱的信号，所以患者在治疗的过程中，也不应忽略加强身体锻炼，改善体质。同时，出现口腔溃疡时，患者若同时感到身体疲乏，就应检查自己营养摄入是否均衡，休息是否足够，并适量补充各种维生素和矿物质。